Sie kamen auf Einladung des russischen Zaren Alexander I. zunächst auf das Gebiet des heutigen Georgiens. Nach Rückschlägen bei der Ansiedlung im Grossraum Tiflis zogen etwa 40 Familien weiter und liessen sich in der Nähe der Stadt Elisabethpol (heute Gänjä im Westen Aserbaidschans) nieder, wo 1818 die erste Kolonie Helenendorf (heute Göygöl) gegründet wurde.
Die Siedlerfamilien kehrten Deutschland den Rücken und wagten den Schritt ins Unbekannte. Die zweite deutsche Kolonie Annenfeld (heute Shamkir/Schämkir) wurde etwa 40km entfernt von Helenendorf gegründet und begann sich genauso prächtig zu entwickeln wie die deutsche Schwesterstadt. Eine Reihe weiterer Neu – und Ausgründungen folgten. Insgesamt waren es acht deutsche Dörfer. Heute leben nur noch wenige Nachkommen in Aserbaidschan, weil nach dem Angriff der Wehrmacht auf die Sowjetunion im Zuge des 2. Weltkriegs alle 22.741 verbliebenen Nachfahren der deutschen Siedler aufgrund ihrer ethnischen Zugehörigkeit nach Zentralasien deportiert wurden. Viele starben in Arbeitslagern und Sondersiedlungen. Die wenigsten Überlebenden kehrten nach der Rehabilitierung zurück nach Aserbaidschan. Im Jahr 2007 starb Viktor Klein, der letzte Nachfahre der ersten deutschen Kolonisten, im ehemaligen Helenendorf. Sein Wohnhaus wird seit 2014 mit Unterstützung der GIZ zu einem Museum umgestaltet.
Neben den Siedlern hegten auch andere Deutsche des 19. Jahrhunderts ein grosses Interesse an Aserbaidschan. So eröffnete die Firma Siemens im Ort Gadabay ein Kupferbergwerk und baute es zum grössten des Landes aus. Die Gebrüder Siemens nutzten die neuesten technischen Errungenschaften und fortschrittlichsten Technologien ihrer Zeit, sodass einige Jahre später unweit von Gadabay am Fluss Galakent auch noch ein zweites Kupferwerk eröffnet werden konnte.
Die Firma Siemens nahm zu dieser Zeit den ersten Platz in der aserbaidschanischen Bergbauindustrie ein und konnte einen entscheidenden Beitrag zur örtlichen Infrastruktur und Wirtschaft leisten. Eine Vielzahl von steinernen Brücken zeugen noch in den Hügeln im Westen Aserbaidschans von diesem Kapitel der deutsch-aserbaidschanischen Geschichte.
Zu guter Letzt sind einige Deutsche auch stark mit der Geschichte und dem heutigen Stadtbild der aserbaidschanischen Hauptstadt verbunden. Der Architekt Johann Wilhelm Edel hat sich in einigen Dutzend Wohnhäusern und Bauten Bakus verewigt, darunter einige der prunkvollsten der Stadt, wie dem spektakulären Wohnhaus an der Neftchilar-Allee 103. Auch die Architekten Adolf Eichler und Nikolaus von der Nonne konnten das Stadtbild Bakus massgeblich prägen mit Bauten wie der Lutherischen Erlöserkirche (Eichler) und dem heutigen Nationalen Kunstmuseum von Aserbaidschan (v. d. Nonne).
Nikolaus von der Nonne war zudem nicht nur Architekt sondern auch von November 1898 bis Ende 1901 Bürgermeister der Hauptstadt sowie städtischer Baudirektor. In dieser Funktion veränderte er das Stadtbild der Innenstadt grundlegend. Auch die durch die sowjetische Regierung abgerissene Alexander-Newski-Kathedrale, zur damaligen Zeit nach der Moskauer Christ-Erlöser-Kathedrale die grösste orthodoxe Kirche der Welt, ging auf Entwürfe des deutschen Architekten Robert Marfeld zurück.
Sowohl in Shamkir als auch in Göygöl leben heute noch etwa 20 Einwohner mit deutschen Vorfahren. Trotz ihrer geringen Zahl wird das Erbe der deutschen Siedler bis heute bewahrt. Gebäude aus dem 19. Jahrhundert werden restauriert, Produkte werden nach deutschen Rezepten hergestellt. Es gibt viele Veranstaltungen für die deutsche Minderheit wie Orgelmusikabende, Ausstellungen und Konferenzen.
Die deutschen Siedler haben viel zur Entwicklung der Kultur der lokalen Bevölkerung beigetragen. Sie galten als arbeitsam und fleissig. Im späten 19. Jahrhundert begannen sie erfolgreich Wein herzustellen. Einige Weinkeller in Göygöl kann man noch heute besichtigen. In Shamkir sind noch von Deutschen gebaute Strassen und Kirchen erhalten.
Im Jahr 2019 wurde in Shamkir und Göygöl unter der Schirmherrschaft der UNESCO das 200. Jubiläum der Ankunft deutscher Siedler in Aserbaidschan gefeiert.
